东北在行动同时，西域也开始了对准噶尔部的打击。
经过一冬的养精蓄锐、积蓄粮弹，明军以五万之众，分成西、北两路向伊犁进军。
喀尔喀蒙古诸部也趁机出兵，向西进攻，夹击准噶尔部。
明军行动神速，不到两个月便逼近伊犁。
永历七年，顺治十年，公元1653年，准噶尔部首领僧格接手了一个强大的部族。
此时的准噶尔部实力强大，北及额尔齐斯河流域和鄂毕河中游，西至巴尔喀什湖以东，南至天山北路皆是准噶尔部的疆域。
但准噶尔部并没有因此走向新的辉煌，却爆发了严重的内战。
僧格的异母兄车臣、卓特巴巴图尔不服僧格，在属地内举兵叛乱。
准噶尔部也因此分裂为支持僧格和支持叛军的两大阵营，双方彼此攻伐混战长达十年之久。
后来，僧格因得到卫拉特“丘尔干”（联盟）首领鄂齐尔图汗、叔父楚琥尔乌巴什支持，才勉强平定叛乱。
车臣和卓特巴巴图尔宣布向僧格效忠，僧格大度地赦免了二人的叛乱之罪，并仍由其统率旧部。
长期的内乱消耗了准噶尔部的实力，一些原本臣服的部落开始脱离汗国的控制。
经过将近十年的休养生息，准噶尔部在僧格的领导下，又重新崛起。
神武三年，公元1668年，僧格派兵越过天山攻打叶尔羌汗国，册立阿卜杜.拉提夫为叶尔羌汗国的可汗，实际控制了叶尔羌汗国。
而在准噶尔部重新崛起之际，沙俄也正向西伯利亚和远东大举进军。
为了争夺领土、盐矿和当地住民的贡赋，准噶尔部与沙俄不可避免地发生了冲突。
1610年，准噶尔袭击了俄国的殖民据点塔拉城；
1611年，准噶尔控制了塔拉城的一口赖以生存的盐水井，禁止哥萨克通过；
1612~1613年，沙俄和准噶尔交战，双方互有俘获；
1614年，大雪灾，准噶尔牲畜死伤无数，东边的阿勒坦汗再度回来要求准噶尔进贡。双方缔结和平。
1600年~1606年，刚兴起的准噶尔大败阿勒坦汗、哈萨克和吉尔吉斯。
吉尔吉斯在沙俄和阿勒坦汗的吞并压力下加入了准噶尔集团。
由于准噶尔的主要精力用在对付东边的阿勒坦汗，所以准噶尔和沙俄之间的冲突规模还相对较小。
虽然说准噶尔部与沙俄暂时是紧张关系，但在推演之下，准噶尔部强大之后，就会得出相对准确的结论。
一旦准噶尔部建立起汗国，其与沙俄的关系必将出现转变。
对于蒙古人来说，强大起来之后都有一个执着的梦想，那就是统一蒙古诸部，重现昔日蒙古帝国的辉煌。
那时候，准噶尔部的对手便是东方的大明，以及不肯统一的其他蒙古诸部。
为了避免两线作战，甚至是为了得到沙俄的火器和军事支持，准噶尔部必然与沙俄缓和关系。
不管这种缓和是权宜之计，还是长久的和平，对于大明来说，都是不利的。