游击队依仗着本地人熟悉地形的优势，开始在新西班牙到秘鲁各处打击西班牙人的殖民势力。他们利用陈子龙提供的火绳枪和钢制战刀，四处袭击小队西班牙殖民者，只要对方落单就直接杀掉。
这样四处出击的作战方式，让西班牙人焦头烂额无法顾忌，随着人员的大量伤亡，西班牙商人在逐渐减少，殖民地的农作物产量也在大幅下降。为了避免士兵遭到袭击，西班牙军队不得不龟缩在各个据点和矿场里警戒，将广大乡村的控制权拱手让了出来。
利用朱聿键提出的农村包围城市计划，中南美洲的印第安人开始获得了大片地区的控制权，他们的生活得到了极大改善。陈子龙让张焘派出精锐的下层军官，前往各个印第安部落担任军事教官，在教授他们军事技巧的同时，也将各个部落连接起来，他们通过类似于烽火台的方式互相联络，一旦西班牙人出兵就四处联络，各部落一起对敌。
虽然这些印第安人的训练不够强，在大规模作战中无法战胜西班牙人，但是他们沿途袭扰，利用打冷枪的方式，慢慢消耗对方的兵力和士气。
在如此狼狈的出击了几次之后，西班牙人最终不在冒头了。他们只能依靠四轮马车，保证据点、港口和矿场之间的单线联系，而其他方面的利益就只好放弃了。
因为印第安人抵抗运动的活跃，让新西班牙总督何塞?德?加尔德斯的改革计划胎死腹中。恼羞成怒的他立刻向西班牙王室发出消息，要求西班牙派出大军，清缴美洲殖民地的印第安人，以巩固殖民地的统治。
可是西班牙王室正被尼德兰人的反抗，以及欧洲战争的愈演愈烈搞得焦头烂额，哪里有心情去管美洲殖民地的事情。加之各处矿场还在自己人手里，美洲对国内输送金银的数量没有受到影响，西班牙王室也就不派兵过去了。
西班牙国王腓力四世写信安慰这个勤奋的总督，劝他维持现状，等到西班牙从欧洲腾出手来，再向美洲发动进攻。他在信中详细描述了如今西班牙的困境和现状，何塞?德?加尔德斯看完信之后也只好作罢，毕竟西班牙的根本在欧洲，他们不可能放弃欧洲来经营美洲。
中南美洲陷入了某种僵持状态，这让整个美洲殖民地都不需要投入过大的兵力。除了美洲舰队自己始终保持着宝船的来往运送，将一批批移民填充到那里之外，朱聿键基本上不需要在美洲事物上多费心思，他更需要关注的只有北方而已。
就在这一年的十月刚刚入冬，造船厂传来了好消息，新的船型被研发了出来，得到这个消息的朱聿键第一时间就赶到了那里。对于海上力量的重视，让朱聿键在造船研究所和造船厂投资巨大，而且从来没有拖欠的时候，这也让造船业突飞猛进。