尽管进行了一番挣扎，但无济于事。最终萨长同盟现实地选择了向唐军投降，驻扎在京都和大阪的倒幕军放下武器，成群结队的出城向唐军投降。自然也有比较个别的武士因为无法忍受投降的屈辱而剖腹，唐人对此没有什么的感触，爱剖就剖去吧。
至于光格天皇其实也有些松了一口气，虽然唐人没有说明白如何处置他，但是条件中也写明白了，不会对光格天皇的人身安全进行伤害，不会对日本皇室的尊严进行羞辱。倒幕运动的失败，使得光格天皇也不做他想，能够苟全一条性命已经是赚到。
萨摩藩和长州藩还想着争取一下自己的权益，比如保留各藩领地，甚至愿意用削减石高或者是藩主下台这样的方式来挽回，但是奈何大唐并不是幕府，也不会维持一个原本的幕府体制，任由强藩存在于日本的土地上。
唐军直接甩出了一个72小时通牒，要求萨长同盟倒幕军无条件向唐军投降，72小时之后如果唐军没有得到肯定答复，将会对萨长同盟倒幕军进行毁灭性打击，而且萨摩藩、长州藩以及天皇等人的结局，大唐方面不做任何的保证。
萨摩藩和长州藩知道，如果选择体面地投降，那么至少两家的一些利益还能够得到保全，原田庆三也表示，在未来大唐主导的日本格局之中，岛津氏和毛利氏都会有一席之地，其藩的一些财产，经过大唐相关方面的认证审查，也能够保留。
而天皇的个人安全被保证，一部分财产权也能够给予，不过天皇将不被允许参与政治，而且唐人之后将会把天皇及皇室亲族分批转移到夏威夷、南美等地，避免他们被利用影响大唐对日本的控制。
终于，在10年6月29日，萨长同盟倒幕军全面向大唐投降，大唐以光格天皇和将军德川家齐的名义，向全日本的大名们发布通告，要求他们放弃抵抗，前往江户，参与大唐召开的日本政权改革会议。
几乎大部分的大名都明智地选择了妥协，少数不服的大名也在短期内被唐军消灭。至7月底，大唐已经基本消灭所有不服从的大名及其军队。八月一日，光格天皇在京都退位，幕府正式将政权转移至大唐手中。
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