与此同时，原婆罗洲移民子弟组成的建威团，也从海上进发，攻克了南婆罗洲的马辰三马林达等地。尽管在此之前，唐人跟这些苏丹国几乎没有打过任何交道，也无冤无仇，不过唐军还是主动将他们清剿消灭了。
整个婆罗洲战争持续了大约两年零八个月的时间，从1780年下半年，一直持续到1783年年初，唐人利用雇佣兵和当地民兵乃至同盟土著的力量，逐渐消灭掉了所有婆罗洲的马来人绿教势力，最后一个苏丹国被消灭之后，大唐共和国婆罗洲海外领成为了唯一一个存在于婆罗洲的政权。
不仅如此，甚至在不久之后，为了追击马来人的势力，德意志兵团还攻入了菲律宾群岛的南部，也就是摩洛兰地区。菲律宾北部的吕宋岛和米沙鄢群岛为西班牙人控制，直到另一位面中美西战争后西班牙把菲律宾输给了美国人，南部的摩洛兰也一直没有彻底地控制下来。摩洛兰居住的摩洛人均为穆斯林，跟北部受西班牙人影响转化为天主教的他加禄人和米沙鄢人不同。后世的阿布扎耶夫武装就是摩洛人的反叛势力。
大唐德意志兵团顺着苏禄群岛巴西兰岛，一直到棉兰老岛，摧毁了不计其数的绿教徒定居点，从这一点来意志兵团更像是一支圣战十字军。对于德意志兵团的疯狂杀戮，曾经也引起白南的担忧，不过事实证明，德意志兵团在混合了自己的民族特性和大唐训练之下，正在成为极为有效的战争杀戮工具。当他们被放出行凶的时候，会将整个地区杀得一片血红，而当上级的命令到达令他们集结时，他们甚至会放弃多余的战利品和其他行动，立即集结统一起来，这让很多大唐军官感到震惊。
另一位面中小胡子的纳粹特征，居然提前了一百多年，出现在了大唐的德意志兵团身上。作为德意志兵团的主要军官，李岱宗写了一份内参报告，其中他认为，德意志兵团的士兵重视纪律和荣誉，作战坚毅勇敢，但是普遍文化水平比较低，拥有强烈的种族优越感，是非善恶观比较淡薄，甚至很多人是道德败坏的。这样的一支兵团，是极其锋利的双刃剑，如果不妥善使用，可能会伤害到自身。
这也使得大唐军方坚定了想法，避免让这支兵团进入到大唐的本土乃至清国，而让他们成为自己拓张殖民地的急先锋，或者在未来大唐可能参与的欧洲战场上进行表现。
婆罗洲战争最终使得大唐获得了整个婆罗洲，乃至苏禄群岛巴西兰岛和棉兰老岛等地的控制权，这让荷兰人比较担忧，加强了对爪哇和其他殖民地的控制。而西班牙人也对大唐提出了交涉，甚至双方一度还在菲律宾形成了对峙，不过并没有什么卵用。倒是，大唐对于绿教势力的辣手，也让荷兰人和西班牙人不错的学习模板，同时也对自己控制下的殖民地大肆进行肃清，一时间整个东南亚的绿教势力出现了大倒退。
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