二十八日，清军抵达拍甲岭前河岸，河上桥板已被廓尔喀兵抽去。成德命总兵穆克登阿指挥西南路清军，自己亲率西北路清军，急架桥渡河。黎明时分，两路清军会合于拍甲岭敌寨前，随即起进攻，毙伤敌2oo人，俘7人。清军乘胜扑向聂拉木。聂拉木官寨墙高堡大，廓尔喀兵恃寨固守。清军屡攻不下，损失较大。九月一日，成德令西北路清军于正面佯攻，西南路清军则暗将柴草堆积于寨门外焚烧，并抛掷火弹，将官寨外墙烧毁。廓军退入内墙。二日，两路清军同时向聂拉木官寨起进攻，将寨内火药仓库烧毁。八日，成德密遣士卒挖掘地道，烧毁官寨西南角之粮仓。九日，福康安派来的先头部队由鄂辉率领先行赶到。清军挖掘地道，企图炸毁城墙，但被墙根大石所阻。成德等遂改变战法，决定先烧开官寨东门。鄂辉则建议等福康安大军到来后，以山炮和迫击炮进行轰击。十一日，福康安麾下炮兵抵达，利用唐制火炮射爆燃弹，最终攻破东门。这时，廓尔喀兵退由官寨内层石碉，用自来火枪射击。成德所领清军被小胜冲昏头脑，贸然冲击伤亡较大，暂时退出战斗。
福康安对成德进行斥责后，另谋他法攻打要塞。二十日，都司什格蒲益章率所部于寨西挖掘地道；张占魁率所部则于东、南两面佯攻。二十四日，清军由地道送药，炸毁石碉西墙，乘势扑上碉寨，消灭寨内1oo名廓兵。至此，清军经一个月围攻，收复聂拉木城。战后，成德、鄂于木萨桥、拍甲岭等处分兵防守，而福康安则积极谋划，开始对其他地区进行收复。
此次作战嘉庆下了重大决心，要求福康安务必打出军心士气和大清天威。单单是作战力量上，福康安所率的清军，就远胜翻山越岭入侵的廓尔喀军队。清军在前线包含原本的藏兵以及驻藏汉兵，还有福康安从四川带来的西南新军一镇，嘉庆还为了保险，特别调了一营的禁卫军给福康安，福康安手中兵力多达两万三千人。而廓尔喀人一路在宗喀附近，兵力约在2二千之数，另一路在定结，有三千余人，聂拉木的廓兵三千余人也已经被击败，开始撤回本土。战术上，地形已经帮助福康安将敌人一左一右切成了两个部分，而且在任意部分，福康安都具备优势的兵力和火力。如何施为都是轻松写意，几乎没有什么难度。
而廓尔喀人在聂拉木败给了清军，虽然损失并不大，但是同时廓尔喀又遭到了武毅军在东部的入侵，不仅派出的一支试探性部队被打得打败，而且紧急集合起来的二千多的兵力也在西里古里以东被武毅军联合绞杀，廓尔喀人前后两面受敌，举国震动。
在知晓了南面的军队同样属于清国，并且得到了唐人的支持，廓尔喀人才知道自己捅了一个天大的马蜂窝。国王拉纳巴哈都尔沙阿连忙遣使向福康安求和，可是福康安直接拒绝了。
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