太子案的升级正是此背景下政治斗争、派系倾轧的缘故，此案风云再起后，真假忽然模糊了，“南京士民哗然不平。袁继咸及刘良佐、黄得功辈皆上疏争。左良玉起兵亦以救太子为名。一时真伪莫能知也。”到后来，朱由崧亲自出面澄清，但为时已晚。“王亟出狱词，遍示中外，众论益籍籍，谓士英等朋奸，导王灭绝伦理。”
除太子案外，同时间还有另一件颇为轰动的童妃案。一位童氏女子至京，自称为福王之妃，朱由崧拒不召见，交付锦衣卫监候。童氏原是一宫女，洛阳被清军攻破时，童氏逃到尉氏县，与福王同居并生有一子。福王南下，童妃与太妃均各自失散。福王即位后马士英从河南迎回太妃，现在这位童妃又自动上门认亲。广昌伯刘良佐上言：“童氏必定不是假冒。”连马士英也认为：“如果不是关系真情，谁敢自称是陛下的王妃?”福王始终既不见面也不回应，令锦衣卫都督冯可宗审讯。童氏详细书写入宫的年月，以及与福王相遇别情，甚为详细，请冯可宗呈交朱由崧阅。冯可宗却因此被撤，改由屈尚忠审理。屈尚忠对童氏严刑拷打，童氏不久便死在狱中。这两桩案件，使得一时之间“中外哗然。”
当时，南明诸将以镇守荆楚的左良玉实力最强，“良玉兵八十万，号百万，前五营为亲军，后五营为降军。每春秋肄兵武昌诸山，一山帜一色，山谷为满。”最为马、阮所忌。“良玉之起由侯恂。恂，故东林也。马士英、阮大铖用事，虑东林倚良玉为难，谩语修好，而阴忌之，筑板矶城为西防。良玉叹曰：‘今西何所防，殆防我耳。’”曾为左良玉监军的御史黄澍回京后，因弹劾马士英被陷害，逃回左良玉处，“澍在良玉军中，日夜言太子冤状，请引兵除君侧恶。良玉亦上疏请全太子，斥士英等为奸臣。又以士英裁其饷，大憾，移檄远近，声士英罪。”
左良玉发兵沿江东下九江，内战开打。马士英急调江北前线镇兵堵击，“乃遣阮大铖、硃大黄、黄得功、刘孔昭等御良玉，而撤江北刘良佐等兵，从之西。”致使江、淮防线空虚。清军看准了这个机会，豫王多铎乘虚而入，统兵渡淮南下。“时大清兵日南下，大理少卿姚思孝，御史乔可聘、成友谦请无撤江北兵，亟守淮、扬。士英厉声叱曰：‘若辈东林，犹藉口防江，欲纵左逆入犯耶？北兵至，犹可议款。左逆至，则若辈高官，我君臣独死耳！’”好坦白的一句话，真正道出了政治倾轧的真谛，而这也正是南明轻易丧失了江南半壁的原因。
就这样，仅仅一个月之后，“会良玉死，其子梦庚连陷郡县，率兵至采石。得功等与相持，大铖、孔昭方虚张捷音，以邀爵赏，而大清兵已破扬州，逼京城。”五月八日，清军突破虚弱的长江防线，十一日兵临南京城下。朱由崧逃往芜湖，后被清擒杀。马士英携太妃，身边仅有黔兵四百（马是贵州人），奔浙江而去。京城宗室大臣从赵之龙、汤国柞，文臣自王铎、钱谦益以下，文武官员数百名，军士二十三万，开门投降。不久之后，左良玉的儿子左梦庚降清，南明的第一个王朝就此覆灭。
小小一桩伪太子案，今天看来不过一诈骗事件而已，却竟使尚有江南半壁南明小朝廷顷刻分崩离析，轻易沦丧。无需为其叹息，一个连存亡危机都无法令其警醒振作的末路王朝，灭亡完全是理当如此，并非异数。上一章：