明初严禁白莲教四处传播，洪武、永乐年间，川鄂赣鲁等地多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建号称帝，均被镇压。
明中叶以后，民间宗教名目繁多，有金禅、无为、龙华、悟空、还源、圆顿、弘阳、弥勒、净空、大成、三阳、混源、闻香、罗道等数十种，有的一教数名。
它们各不相属，教义颇多歧异，组织、仪轨和活动方式也不尽相同，但或多或少地带有白莲教的印记。统治者认为它们实际上仍是白莲教，民间也笼统地称为白莲教。
由于派系众多，信奉的神祇极为繁杂，有天宫的玉皇、地狱的阎王、人间的圣贤等等；而最受崇奉的仍是弥勒佛。
从明朝正德年间开始，出现了对无生老母的崇拜，又有“真空家乡，无生老母”所谓八字真言。据称，无生老母是上天无生无灭的古佛，她要度化尘世的儿女返归天界，免遭劫难，这个天界便是真空家乡。各教派撰有自己的经卷，称为宝卷，常对信徒宣讲。
内容庞杂，但从中也可看到儒、释、道三家对它们的影响。
明清时期，白莲教融入了多种民间宗教之中，对其他民间宗教产生了巨大影响。
由于长期以来当局将其与其他民间宗教相混淆，并把很多非白莲教徒的起义都算作“白莲教”起义，如清朝以混元教和收元教徒为骨干的川陕等五省农民大起义，就被安在白莲教身上，致使白莲教被封建统治者冠以“邪教”总称，再也不见容于天地。
白莲教信徒众多，主要来自社会下层。各派内部实行家长制统治，尊卑有序，等级森严，成为很多农民起义的组织形式。
在元末以滦县为中心，冀东及长城沿边一直是白莲教活动的地区，并从这里向全国蔓延，爆发了韩山童、刘福通领导的反元大起义。