吴三桂率领军队从芜湖所在的太平府一路向东攻入宁国府境内，一路上小心翼翼，然而却没有遇到明军的阻拦伏击。
数日后到达宁国府治宣城，把宣城团团包围。
宣城府内只有数千地方军镇守，战斗力及其低下，若是发起强攻的话用不了几日就能拿下。
然而吴三桂却围城不攻，在宣城足足呆了三日，等待着明军主力从芜湖增援宣城。可是芜湖明军却对这一切视而不见，对只有一百多里的宣城置之不理。
无奈治下，吴三桂挥兵攻入了宣城，洗劫之后，率兵向北进入了应天府，从南面向着南京逼去。
宁国府失守，清兵一路攻城掠地进入了应天府，南京朝廷一片大哗，弹劾陈越纵敌的奏疏如同雪片一样进入内阁，使得三个阁老应接不暇，也使得崇祯皇帝心忧不已。
不过对于陈越，崇祯还是十分信任的。所有弹劾奏疏统统留中不发，同时在朝堂上严厉斥责那些上蹿下跳的御史。同时，崇祯下令南京戒严，以镇北侯吴孟明为总督，分派大臣们各自负责把守城门。同时给浙江、苏松等地下旨，命令各地军队前来勤王。
而对芜湖方面，崇祯只是命人把南京的情况送到芜湖，让陈越知晓，同时告诉陈越自己对他的信任。
清军竟然打到了应天府境内，陈越知道自己不能再毫无动静。遂下令，命令吕泰和郑森率领船队，攻打清军水营。
二百余艘战船载着两万余水军，逆流而上，向着清军水寨发起了猛攻。
面对明军的来势汹汹，清军水师根本不敢出船迎战，而是躲在水寨里严防死守。
清军二十多万大军，在江边立下了十多处水寨，连绵足有二十多里。
每处水寨外面以圆木锲入水中形成寨墙，内以船只相连，船只和船只之间设有水道，可供大船通过自如。而为了防止明军火攻，寨墙上钉有无数数丈长向外斜挑的尖木，可以把敌军火船挡在水寨之外。
负责守卫水寨的都是绿营兵，因为在阿济格看来，岸上要远比水寨安全的多，熟读三国演义的他对赤壁之战心有余悸，如此强大的曹孟德尚且兵败赤壁，他不愿重蹈覆辙，故所有八旗兵都在江岸上扎营。
吕泰和郑森带着浩大的船队而来，同时对数处水寨发起了进攻。
双方战术不太一样，吕泰率领的平南军水师靠的是火炮，以船载火炮猛轰清军水寨，炮弹所至，木屑齐飞，绿营兵鬼哭狼嚎。
郑家军水师靠着则是火船，先由精锐勇士夹着小船冒着清兵箭雨抵近水寨，用巨斧砍掉寨墙上向外突起的枪林，然后放火船直抵寨墙，放火把寨墙烧毁。
对明军的进攻清军反击也很迅速，岸上清军数十门火炮同时开火，炮弹向着江中明军船队飞去。同时水寨里的绿营兵拼命放箭射铳，砍寨墙的郑家士兵损失惨重。
数只火船飞速向着清军水寨划去，在撞上寨墙之前，驾船的郑家军士兵们翻身跳入了江中。熊熊燃烧的火船随着惯性撞上清军水寨，船头伸出的铁制撞角深深的插入木制的寨墙里。