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殖民地却无可奈何，既要镇压暴乱，又要不伤害国人，是十分困难的。
土著和国人的冲突还在继续，甚至很多的治安和治安部队也参与其中毕竟这些人全部都是土著出身。但是依然被打得节节败退，他们开始慢慢的收缩不敢和国人交手，反而是国人不肯善罢甘休。
他们开始向那些富有攻击性的土著发动进攻，要不然帝国没办法插手。
荷兰当局不得不出动军队镇压，双方开始交战，由于有大清正规军的存在，并且给当地国人武装配备了大量的武器，使得原本就属于三流陆军的荷兰部队损失惨重，非但没有成功，派出去的两千多人损失惨重。
但是在他们拖住国人武装部队的时候，土著和治安部队，治安对普通的国人民众展开了报复性攻击。
超过一万人被杀害
1898年3月2日大清发表申明，鉴于荷属印殖民地当局无法保护国人的安全，大清将派出军队保护国人，等局势稳定之后将会撤出这里。
随即大清南洋舰队老式舰队开赴荷属尼西亚群岛。
大清得三个师分别在苏门答腊岛、伊里安岛、苏拉威西岛和爪哇岛登陆。
赫然一方面要求荷兰殖民地当局守住那里，一方面有不派出军队，让弗兰克西总督进退两难。他只能见爱你过军队全部集中到巴达维亚做出严防死守的状态。
1898年3月5日荷兰当局忍无可忍对大清帝国宣战，王光绪求之不得立刻命令外交部发表申明对荷兰宣战
1898年3月6日大清对巴达维亚发动进攻，除了舰炮之外，还动用了飞艇，当数十艘飞艇在巴达
维亚的上空开始投掷炸弹的时候荷兰军队陷入了绝望，他们根本没有任何武器能够打到空中的飞艇。
这一次的飞艇作战让西方各国眼睛一亮。在如今发动机的热转换率偏低的情况下，充了氢气的飞艇无疑能在空中停留很久。飞行的距离也很远。各方纷纷将研究了许久荏苒没有丝毫进展的飞机暂时放在一边，转而改进目前技术已经比较成熟的飞艇。
1898年3月7日荷属东印殖民地驻军宣布投降。
十万陆军在荷兰正规军被击败之前已经迅速的扑向其他地方了。数万国人也被组织起来参与进攻与防守。
荷兰在东印群岛的统治，已经不复存在。当然他们只能占领沿海的重要城镇，毕竟国人在整个尼西亚也不过是一百多万人而已，还有几千万的土著
荷兰人在谴责了无数次之后没有任何办法，反而因为正规军参与到对国人武装的进攻之中被说成正规
军对国人出手将所有的荷兰人都抓了起来，索性这里的荷兰人不多加上驻军也不过三四万人而已。