不管是新任海军都督府右护军毛维张带着费扬果的入宫觐见，还是随后没有多久毕登翰带着对马藩使者的来访，都没有在九月京师的朝堂之上留下什么大的痕迹。
毛维张觐见完了崇祯皇帝之后，在京师与家人亲友团聚了几天之后，就带着新的任务快马东去，到天津上任去了。
而费扬果则被锦衣卫带去了曲阜，交给衍圣公府管教。
虽然崇祯皇帝还没有接到衍圣公府的谢恩折子，但是到了九月末的时候，这个十一岁的娃娃已经开始与龙孔府的子弟们一起捧读论语了。
至于来自对马藩的规伯玄方和柳川调兴，则一个心事重重，一个喜不自禁地踏上了前往东江、汉城交换约书的归途。
总之崇祯三年的九月，大明京师的朝堂之上平平稳稳，波澜不惊，此时发生在大明朝东南海上与西北大地的战事，仿佛对这里的人们没有产生丝毫的影响。
吏部依然在忙着考察和任命前往河中、归化、宣大、热河等地安排任职的朝廷官员；
户部一边忙着减免北方数省的常例与加派，忙着发文催促南方数省征收和转运崇祯三年的夏秋两税，另一边则督促着各地分摊的旱灾移民尽快前往朝廷指定的各地。
礼部忙完了八月的天下乡试，然后就与宗人府开始驻守宗室事务，一边密切关注着代王朱鼎渭的死讯，一边督促着翰林院重新誊录和跟新皇明宗室的玉牒。
至于兵部、刑部和工部，当然也是各有各的事务。
兵部尚书南居益一边亲自领着职方司忙于建章立制，规范和理顺五军都督府与天下各地边军营兵、都司卫所以及土司私兵等等的上下关系，一边督促着武备院，调集人手成立了白冶城第三枪炮厂，抓紧仿造比崇祯一式燧发火枪先进的线膛枪。
与此同时，受到线膛枪的启发，孙元化等人也向崇祯皇帝申领了另外一笔拨款，与工部合作，在大将军炮和神威无敌大将军炮的底子上，尝试铸造直线式线膛炮。
而工部，除了参与第三枪炮厂直线式线膛枪、直线式线膛炮的仿造之外，崇祯皇帝也再次向工部，以及宋应星等人领衔的工学院，下达了仿照孔明灯的原理制造飞艇的任务。
就算是刑部，也在按照崇祯皇帝的安排，开始着手清理天下刑狱，除了十恶不赦以上的罪行不待秋决立刻行刑之外，其他的刑罚各据罪行之轻重，一律充军辽东、东江、瀛洲，以及云贵、海南和东番等边荒之地。
整个八九月间，京师朝堂五军六部各个衙门，正一步一步地按照崇祯皇帝的设想，各司其职地忙碌着各种钦定的事项。
而同一个时期的东番岛上，郑芝龙携手荷兰人，针对西班牙人的战争，也走到了剑拔弩张、箭在弦上的阶段。
自从荷兰东印度公司驻巴达维亚总督府的使者毕德诺在年初觐见过崇祯皇帝之后，就带着崇祯皇帝的承诺，以及回去募捐的传教士康迪纽斯等人匆忙南下了。
一路上，毕德诺、康迪纽斯等人在理藩院行人司行人的陪同下，先是拜访了闽浙总督温体仁，得到温体仁的支持之后，又前往荷兰东印度公司在东番岛南端的热拦遮城，会见了这个时候荷兰人派在这里的所谓总督汉斯-普特曼斯。
随后，毕德诺等人又在闽浙总督府官员的陪同下，前往东番卫指挥使司所在地北港，面见了大明朝在东番岛的最高官员郑芝龙。
就这样，在一连串的会面之后，郑芝龙与荷兰人在东番岛热拦遮城的总督汉斯-普特曼斯，达成了在大员地区停战与通商的协议。
荷兰东印度公司按照崇祯皇帝给出的承诺，除了获得与南洋公司的官方贸易之外，可以继续保留他们在热拦遮城的驻军与商馆，并继续在热拦遮城收购东番岛上的鹿皮与土产，但是不得继续在东番岛本岛之上修筑城堡和军事据点。
与此同时，郑芝龙也撤回了围困热拦遮城的船队，解除了对东番岛南部大员地区荷兰人的封锁。
不过，在对热拦遮城进行历时一年多的封锁与围困过程中，郑芝龙麾下的各路人马也并没有闲着。
郑芝龙调集了大批移民东番的民夫青壮，耗时一年、花费巨资，在与热拦遮城所在的一鲲身岛隔海向往的台江湾畔（后世台南市区附近），修筑起了大员城，并安排了自己的族兄郑明、部将何斌，辅佐着自己的弟弟郑芝豹率军驻防大员城，大大加强了郑氏对东番南部的控制。