在文明卵内的世界，它们的发育既没有了外界实验室里人类的干扰，有没有别的种族形成对他们有力的威胁，它们甚至在卵中宇宙建立起了绝对的宗教权威，一些文明卵中根据基础设定自然滋生出来的本土生物，甚至将它们奉为了绝对的神明，甚至开始自发的将自己星域的各种资源，源源不断的供给晶状体文明，它们仿佛预感到了只有结晶体文明才能带领他们离开自己所身处的这间宇宙监狱。
很快，检测器竟然发出红色警报，他们居然有要突破文明卵的行动迹象，实验室的所有工作人员听到警报，马上全都赶往了控制中心。人类和来自祖米巴星球的科技精英都紧张的汇聚在了文明卵的前面，不知所措。
“绝不能让他们逃脱成功。”最终双方科学家达成了一致的意见，决定启动文明卵上的文明重启功能，格式化抹除文明卵中现在所存在着的一切生灵。
很快实验室里的控制器与空卵上的控制主板进行了对接，格式化程序运行到了二度确认阶段。
作为科学家代表的孙坦，发出了确认消除文明卵中生命体的指令，毁灭程序开始了不可逆的运行，虚无和黑暗很快席卷了文明卵世界。在这个过程之中结晶体文明竟然还在试图抵抗，他们迅速在自己的文明外围搭建了一层曲速泡，企图阻挡住黑暗和虚无的扩散。
但这一切都是徒劳，伟大的文明终究消逝在了黑暗的吞噬当中。
人类第一次的体会到了当箱主的滋味，此刻孙坦盯着控制台上自己的双手，心情变得无比的沉重。作为毁灭指令的追后下达者，他完全无法相信自己亲手刚才毁灭了一个远比人类更加伟大的文明，亲手毁灭了一个宇宙，一个世界，更让他感到恐惧的是如果降维计划失败，那么他们现在所在的这个宇宙……将会迎来和他们同样的结局。
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