这些叛乱发生后不久，岛原地方的天主教徒就与农民相结合，农民们以友好的态度接待天主教徒。教徒们烧去所有的日本佛寺，建筑起一所新的教堂，供奉圣母玛利亚像，兵士都掮着绘有十字架的旗帜。
他们说：战斗不问胜败，一切为了上帝的光荣，为了献身于上帝，他们又在各乡村中，大声高呼：成千成万的天主教徒和传教士们，过去曾经无辜遭受惨刑，已到了复仇的时候，并宣称他们都已决心为自己的信仰而殉身。
参加的人数，每天都有增加。有四十三个天主教徒，他们企图放火焚烧岛原城，并杀死那些多在城内的贵族。
因此，他们故意说了些假的好话，混进了城内。可是，仍旧引起城内被围者的怀疑。四十三人中的一个，被捕受刑，说出了准备乘机放火杀死被围者的计划，于是，四十三人都被斩首，并将这些头颅用长竿挑起，放在城墙上让城外的天主教徒能够看到。
农民们最终占据了岛原城。
岛原地方的兵士把守着各处要道，正在等候着幕府的命令。如果展开战争，可能要演成大规模的流血。这里的各方面，对于这事的今后发展，正有着种种的推测与传说。
幕府将军阁下已经派出亲信将领莅临九州，他集结了九州地方大约十余万正规军将岛原城团团围住，根据从岛原城拼死逃出来报信的教徒的说法，城里尚有民众四万多，其中青壮只有一万三千人，而其中的武士兼天主教徒只有一半，剩下来的都是可怜的、瘦弱的农民。
幕府将军对光辉的天主教有着实在无法理解的排斥，据说起源来自以前的大将军丰臣秀吉，他好色无度，身边已经有了三百多美女，还看上了来自九州的一位信仰天主教的女教徒。
上帝保佑这名教徒，她抗拒了强大的丰臣秀吉，还拿出上帝光辉笼罩下的勇气怒斥他，‘教徒都是一夫一妻制！’，您瞧，多么伟大的人格和勇气啊，这位丰臣秀吉大将军阁下下面可是有几十万大军的！
兴许是起源于此，从这位大将军时代开始就开始排斥天主教了。
后来，如今的德川家上位后，由于信仰他天主教的各位领主从西班牙、葡萄牙等天主教国家那里得到了火炮、火铳、先进的造船技术，深居江户的将军顿时感到不安了，于是下令除了荷兰人以外其它所有的天主教国家的船只不得进入日本。
这还不算，日本本国大量的天主教徒被驱逐到北海道、南洋各地。
荷兰人，尊敬的大汗，那是一个没有信仰，一切唯利是图的国家，如今能垄断对日本的贸易，日本国所有的要求他都会答应的。
不幸的是，岛原城的教徒在联系我的同时，也联系了荷兰人。在可怜的他们的眼里，凡是从南面过来的‘高鼻深目’者都是虔诚的教徒。
尊敬的大汗，我以上帝的名义起誓，荷兰人绝对不是什么虔诚的教徒，而是离经叛教者，在欧洲大陆，人人得而诛之。
依着贪婪的本性，他们一定会站在日本政府一边的，这样一来，岛原城的教徒危矣，百姓危矣。
在这东方，能拯救他们的也只有大汗您了，我知晓您并不是天主教徒，不过您也并没有反对不是？
日本人，与朝鲜人相比，更是种植水稻的好手，若是能将他们拯救出来，可为您伟大的国度增添至少一万户农户，其中的武士更是能成为为您驰骋疆场的勇士。
大汗，作为远东地区的教监，我不忍见到教民陷入这种悲惨的境地，看在我等教士在瀚海大学倾注了一切的情形下，请你伸出援助之手。
我，上帝的忠实信徒，您忠诚的子民，郑重承诺，一旦此事成行，将会有更多精通自然学科的教士来到瀚海国，同样会有更多的能工巧匠来到您治下的伟大国度。
毕方济